《表1 中外部分黄牛品种mt DNA D-loop区全序列》

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《大别山牛mtDNA D-loop区遗传多样性和系统进化分析》

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注:表中“*”为本研究所测序列。Note:“*”sequences in the research.

使用Lasergene软件对PCR扩增所得的46条大别山牛mt DNA D-loop区的全序列和从GenBank上下载的部分黄牛品种mtDNA D-loop区的全序列（见表1）进行序列编辑整理，用Clustalx软件进行序列比对，使用Dnasp5.0软件[7]统计所测大别山牛mt DNA D-loop区序列的多态位点数（number of polymorphic sites）、核苷酸单倍型数目（number of haplotypes）、单倍型多样度（haplotype diversity）、核苷酸多样度（nucleotide diversity）、平均核苷酸差异数（average number of nucleotide differences）以及进行Tajima’s中性显著性检验等，用MEGA5.0软件[8]计算大别山牛与中外其他部分黄牛品种间基于Kimura 2-parameter模型的遗传距离，并采用邻接法（Neighbor-jointing，NJ）构建系统发生树，自举检验分析Bootstrap重复1 000次以获得置信度。