《附表1 NJ法和其他3种分群法两两比较的GD和PIC值（3个亚群）》

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《基于SNP标记的玉米自交系类群划分方法和分群功效评估指标的比较》

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GDT、GDW、GDB、GD1～GD3分别表示全体材料、亚群内、亚群间、亚群1～亚群3的遗传多样性；PICT、PICW、PICB、PIC1～PIC3分别表示全体材料、亚群内、亚群间、亚群1-亚群3多态信息量

N J、S N P h y l o、A D M I X T U R E+S N P s和ADMIXTURE+Tag SNPs分群法划分亚群时实际利用的SNP位点数目分别是525141个、8249个、511个和929个。由于所用的SNP位点数不同，无法直接比较4种分群方法的分群功效，但可以通过把3种基于最大似然法的分群方法的每一种和经典分群方法NJ法做两两比较，间接发现它们在分群功效方面的表现。在比较SNPhylo法与NJ法时，使用了二者共有的8249个SNPs位点，由此计算出将490份自交系分为3个亚群（K=3）和6个亚群（K=6）时各个亚群的玉米自交系数目、GD值和PIC值（详见http：//doi.org/10.13430/j.cnki.jpgr.20190618003，附表1、附表2）以及BIC值（详见http：//doi.org/10.13430/j.cnki.jpgr.20190618003，附表3）；在比较ADMIXTURE+SNPs法和NJ法时使用了511个共有SNPs，在比较ADMIXTURE+Tag SNPs法与NJ法时使用929个共有SNPs（附表1、附表2、附表3）。