《表4 30个柑橘品种的单倍型序列》

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《柑橘CCD基因家族鉴定及CcCCD4a对果肉颜色的影响》

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对10份柑橘材料的Sanger测序分析发现橙红色果肉的‘红橘’‘美国糖橘’具有完全相同的核苷酸序列（图8），推测该基因的单倍型可作为柑橘果肉颜色的检测标记。因此，重新采集20份果肉偏红色的材料（表1）与原来的10份材料一起构建二代测序文库，测定Cc CCD4a序列，用Tassel软件进行单倍型分析，分析结果见表4。30个柑橘品种的Cc CCD4a具有9种单倍型，其中包含hap-1的12个品种均为宽皮柑橘中典型的橘类品种，且果肉均为橙红色的品种，在这些品种中，个别还包含有hap-4、hap-5单倍型，其中以‘牛肉红橘’和‘美国糖橘’的果肉颜色为最深，这两份材料在162 bp处均为M，在669 bp处均为Y，而在669 bp处为Y的品种均表现为果皮红艳。包含有hap-2单倍型的品种为‘温州蜜柑’或是含有‘温州蜜柑’血缘的杂柑品种，果肉也多为橙色至橙红色。包含有hap-6单倍型的品种为典型杂柑类品种，果肉颜色通常为橙色至橙红色，hap-7和hap-8为橙色至浅橙黄色品种，具有甜橙类基因的渗入，hap-9只包含‘茂谷柑’，该品种也是天然的橘橙杂种，明显具有‘甜橙’基因的渗入。