《表3 SNP位点信息：都匀毛尖茶树叶片响应茶小绿叶蝉侵染的转录组分析》

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《都匀毛尖茶树叶片响应茶小绿叶蝉侵染的转录组分析》

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使用GATK（Mckenna et al.，2010）软件识别9个样品的reads与中国种茶树基因组序列的Hisat2比对结果中的单碱基错配，识别潜在的SNP位点。分析基因的表达水平或编码的蛋白质是否受到这些SNP位点的影响，并且计算出了9个样品的SNP位点数目、转换和颠换的类型比例以及杂合型SNP位点比例（表3）。不论是嘌呤还是嘧啶，SNP的转换数要大于颠换数，腺嘌呤转换为鸟嘌呤和胸腺嘧啶转换为胞嘧啶大致相等（图1），腺嘌呤转换为胞嘧啶和鸟嘌呤转换为胸腺嘧啶大致相等。采用SNPEff分别对SNP、InDel注释，得到SNP、InDel的注释结果统计（图2；图3），从中可以看出，SNP和InDel主要存在于内含子区、基因间区、同义编码和非同义编码区。