《表2 MLST等位基因信息以及其核苷酸位点多态性》

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注:Phi-test由Splits Tree根据其核苷酸序列比对计算得到,其值小于0.05时,表明该基因发生显著重组。

为了解管家基因的重组情况,使用Splits Tree v 4.0分别对7个管家基因的序列处理,并利用Split decomposition构建重组分解分析图,进行Phi-test计算,其结果如表2和图1所示。从表2中Phi-test可知,基因asp A、tkt和unc A没有发生显著的重组(p>0.05),而基因gln A、glt A、gly A和pgm则发生了显著的重组(p<0.05)。从图1中也可知,基因asp A形成了清晰的树状结构,没有形成交联结构,其重组发生率较低;基因tkt和unc A各个分支之间连接较少,仅tkt~73和unc A~533和其他的基因有交联,这与表格2中Phi-test值较低相对应,其发生重组发生率也较低。而glt A、gly A和pgm都形成了网格状的结构,有较为复杂的关系,其重组发生频率较高,与表2的数据相符合。