《表2 MLST等位基因信息以及其核苷酸位点多态性》
注:Phi-test由Splits Tree根据其核苷酸序列比对计算得到,其值小于0.05时,表明该基因发生显著重组。
为了解管家基因的重组情况,使用Splits Tree v 4.0分别对7个管家基因的序列处理,并利用Split decomposition构建重组分解分析图,进行Phi-test计算,其结果如表2和图1所示。从表2中Phi-test可知,基因asp A、tkt和unc A没有发生显著的重组(p>0.05),而基因gln A、glt A、gly A和pgm则发生了显著的重组(p<0.05)。从图1中也可知,基因asp A形成了清晰的树状结构,没有形成交联结构,其重组发生率较低;基因tkt和unc A各个分支之间连接较少,仅tkt~73和unc A~533和其他的基因有交联,这与表格2中Phi-test值较低相对应,其发生重组发生率也较低。而glt A、gly A和pgm都形成了网格状的结构,有较为复杂的关系,其重组发生频率较高,与表2的数据相符合。
图表编号 | XD00157509100 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2020.03.20 |
作者 | 汪智、王涓、吴清平、张菊梅、聂翔、唐胜君、刘鸣、马国祥、王惠贤、马宗灏 |
绘制单位 | 华南理工大学生物科学与工程学院、广东省微生物研究所广东省科学院华南应用微生物国家重点实验室广东省菌种保藏与应用重点实验室广东省微生物应用新技术公共实验室、广东省微生物研究所广东省科学院华南应用微生物国家重点实验室广东省菌种保藏与应用重点实验室广东省微生物应用新技术公共实验室、华南农业大学食品学院、广东省微生物研究所广东省科学院华南应用微生物国家重点实验室广东省菌种保藏与应用重点实验室广东省微生物应用新技术公共实验室、广东省微生物研究所广东省科学院华南应用微生物国家重点实验室广东省菌种保藏与应用重点实验室广 |
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