《表1 不同乳腺癌亚型的样本数》

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《基于可变剪接紊乱的乳腺癌亚型预测分析》

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本文从TCGA数据库网站（https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga）下载了乳腺癌（BReast invasive CArcinoma，BRCA）患者异构体表达数据，使用每百万转录本（Transcripts Per Million，TPM）来衡量样本的表达丰度。其中共有20531个基因，73599个异构体。为了避免低表达量异构体的干扰，且考虑到发生可变剪接的基因至少含两个异构体，本文筛选在50%以上样本中表达量至少为0.1 TPM的异构体，再剔除掉只含单个异构体的基因，最终保留33481个异构体，对应的基因个数为10178个。从UCSC xena网站（https://xenabrowser.net/datapages/）下载相应样本的临床数据，对于各种乳腺癌亚型样本数如表1所示。