《表1 第1代、第2代和第3代测序平台的比较》

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《16S核糖体RNA基因测序技术在口腔微生物多样性中的研究进展》

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2005年美国454 Life Science公司（2007年被瑞士Roche公司收购）推出了454 FLX测序平台，标志着第2代测序技术的诞生[7]。目前第2代测序平台主要有Roche GS FLX，Illumina Hiseq，Illumina Miseq和Applied Biosystems（ABI）SOLiD等。各个测序系统方法不一样，具有不同的特点，与Sanger法测序相比，第2代测序技术具有高通量和低成本的优势，具有“合成过程中的测序”和“大规模并行测序”的特点，一次分析中读取的序列数量要比通常的Sanger法测序大得多。但精确度稍低，且读取的碱基长度比Sanger法测序要短，具体见表1。