《表3 在fz和FZ两个材料中4个纤维发育时期91个共有的差异基因及其表达情况》

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《亚洲棉短绒突变体纤维发育及其差异基因表达分析》

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计算FPKM值后，选择P-value<0.05和|log2（ratio）|≥1作为筛选差异表达基因的标准。通过比较突变体FZ和野生型fz材料0、+3、+5、+8DPA的FPKM值，共鉴定出3784个差异基因（图3-A）。其中在fz vs.FZ0DPA时期特异表达的基因有201个，fz vs.FZ+3DPA时期特异表达的基因有313个，fz vs.FZ+5DPA特异表达的基因有1108个，fz vs.FZ+8DPA时期特异表达的基因有1303个。突变体和野生型4个纤维发育时期发现91个共有的差异基因，这些基因的差异表达情况见图3-B和表3，52个基因明显上调，39个基因明显的下调，对差异基因功能分析发现一些未知蛋白、转录因子、乙烯受体和抗病基因都参与了短绒纤维的发育。