《表1 利用GWAS鉴定的瓠瓜白粉病抗性相关SNP分布情况》

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《瓠瓜(Lagenaria siceraria)白粉病抗性的全基因组关联分析》

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本实验室前期对117份瓠瓜微核心种质材料进行了RAD-Seq测序，根据杭州长瓜参考基因组序列，鉴定到19 226个SNPs（基因组上标记密度为0.059 SNP/kb），且85.34%的SNPs近乎平均地分布于瓠瓜11条染色体上。根据缺失率、杂合率不超过25%，MAF值小于等于0.01的标准，最终获得该群体6 222个SNPs的基因型数据，群体结构分析显示117份材料之间没有明显的亚群分化（Wu et al.，2017b）。采用TASSEL 5.0软件利用MLM（PCA+K）模型对白粉病病情指数进行了全基因组范围内的关联分析，以LOD≥3.0为标准，利用2014年和2018年数据分别鉴定到22个与13个与白粉病抗性相关的SNPs，其中有2个SNPs（BGReSe＿03658，BGReSe＿04082）在两年试验中同时被检测到（表1）。这些SNPs位点分布在第2、第3、第4、第5、第7、第8、第10染色体上及5个Scaffold上，分别解释11%～30%的表型变异。在第7染色体上共检测到12个SNPs，其中BGReSe＿11283、BGReSe＿11284、BGReSe＿11285三个SNP距离为26 bp，BGReSe＿11289与BGReSe＿11290相距87 bp，BGReSe＿10937、BGReSe＿10938、BGReSe＿10-939之间的距离为246 bp，这可能只代表3个位点（表1）。利用杭州长瓜的参考基因组序列（Wang et al.，2018），在BGReSe＿03658和BGReSe＿04082的前后50 kb范围内进行候选基因分析，发现第2染色体上BGReSe＿03658上游7 kb附近，含有一个富含半胱氨酸受体类蛋白激酶3（CRK3）的候选基因HG＿GLEAN＿10015218，该基因注释功能与抗病相关，这一结果不仅为寻找抗白粉病候选基因提供线索，也间接验证了GWAS的可靠性。