《表1 CGI森林与草原区域的性质差异》

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《基于一维序列的三维染色质相分离：驱动力、过程与功能》

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基于DNA序列、甲基化、染色质三维结构、结构与转录因子结合、组蛋白占据与修饰和基因表达量等数据的整合分析72表明，CGI“森林”和CGI“草原”两种区域的基因密度、功能、表达、表观遗传等特性均表现出不同（表1、图1）。森林区域的基因密度、尤其是管家基因密度更高，平均表达水平也高于草原区域。二者的基因功能也表现出不同，草原区域虽然基因密度低，但位于该区域的管家基因相对森林区域特异性地富集染色质结构重塑、DNA损伤修复、p53通路、氧化压力响应等功能，其中部分功能直接与染色质结构相关。与森林区域更高的基因密度和基因表达水平相对应，这些区域富集激活性表观遗传修饰，如H3K4me1、H3K4me3，同时它们的染色质更为可及，更容易结合与转录密切相关的Pol II蛋白；相比之下，草原区域不仅基因密度和表达水平较低，染色质也更不可及，相对更多包含结构性异染色质标记H3K9me3，甲基化的更强的周期性分布间接暗示草原区域的DNA缠绕更为规整。二者一定程度上分别构成了常染色质与异染色质的序列基础。