方法上，《中国农业发展方式转变研究》做到了比较分析与系统分析相结合、理论分析与实证分析相结合、静态分析与动态分析相结合、定性分析与定量分析相结合、理论研究与对策研究相结合，特别是采用了多元线性回归、非参数莫氏生产率指数法、聚类分析等统计分析方法，对我国农业发展方式转变的绩效进行了评价，并采用聚类分析研究我国农业发展方式转变的区域差异，为进一步研究农业发展方式转变奠定了基础。

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