《表6 差异表达的miRNA》

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《基于高通量测序筛选‘紫娟’花青素合成相关的miRNA》


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通过高通量测序产生的序列可通过在文库中的读取数来计算miRNA的丰度。ZJ、YK和FD中已知和新miRNA的读取数通过TPM进行标准化处理后,采用DEGseq进行差异分析[21],差异miRNA筛选条件为|log2(foldchange)|>1和qvalue<0.01。筛选出在ZJ与YK、ZJ与FD之间共有的差异表达miRNA 24个(表6),在ZJ中上调表达的miRNA有13个,包括已知miRNA(miR845c、miR828a、miR482、miR399e、miR398a、miR398b、miR169a和miR162)和新miRNA(novel_93、novel_108、novel_36和novel_35);在ZJ中下调表达的miRNA有9个,均为新miRNA(novel_87、novel_86、novel_84、novel_80、novel_46、novel_42、novel_37、novel_18和novel_14)。