《表1 Tau226-236六聚体磷酸化Thr231侧链基团和其他主链/侧链的氢键累计频率(%)T1:300-304.46 K》
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《Thr231磷酸化对顺式和反式tau蛋白226-236多肽六聚体结构的影响》
图2展示了顺式tau蛋白和磷酸化后顺式tau蛋白的两个模拟副本的温度变化,表明模拟副本很好地覆盖了此区间内大部分的温度范围,能为副本交换模拟提供良好的构象搜寻。表1列举Tau226-236六聚体磷酸化Thr231侧链基团和其他主链/侧链的氢键在最低三个副本(T1:300-304.46 K?)温度区间的累计频率(%)。Tau蛋白多肽片段226VAVVRTPPKSP236有两个带正电的氨基酸Arg230和Lys234。由于N端和C端的氨基酸基团已经封闭成中性,Tau226-236多肽六聚体带有12个正电,Thr231磷酸化后的Tau226-236六聚体带有6个正电。在整体正电的环境下,负电的磷酸化Thr231侧链基团与周围氨基酸的主链和侧链都形成稳固的氢键和盐桥键(表1,图3)。在与侧链形成氢键和盐桥键时,顺反式基本保持相同的氨基酸作用频率(表1),都是Arg230主导且远超过Lys234。即使以Argline有5个氢键位点而Lysine只有3个NH,顺式中Arg230的平均频率(1015.6/5=203)大于Lys234(209/3=70);反式中也是如此(Arg230平均996/5=199,Lys234平均391/3=130)。
图表编号 | XD00182508700 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2020.10.01 |
作者 | 孟青青、曾鑫成、苏玉红、白钢钢、Ruth Nussinov、马步勇 |
绘制单位 | 上海交通大学药学院细胞工程及抗体药物教育部工程研究中心、上海交通大学药学院细胞工程及抗体药物教育部工程研究中心、上海交通大学药学院细胞工程及抗体药物教育部工程研究中心、上海交通大学药学院细胞工程及抗体药物教育部工程研究中心、Basic Science Program, Leidos Biomedical Research, Inc., Frederick National Laboratory for Cancer Research, National Cancer Institute at Freder |
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