《表1 不同网站预测膜结合AtbHLHs和ZmbHLHs跨膜区个数及位置》

《表1 不同网站预测膜结合AtbHLHs和ZmbHLHs跨膜区个数及位置》   提示:宽带有限、当前游客访问压缩模式
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《拟南芥和玉米中膜结合bHLH转录因子的鉴定与分析》


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按照Zhang等(2018)的方式命名,表2同。预测结果表示为跨膜区个数:跨膜区位置,如“2:195~213;222~245”表示有2个跨膜区,位置分别为195~213和222~245 aa。

我们对166个拟南芥及206个玉米b HLH家族成员进行了MTF的预测,一共预测到58个假定的MTFs,其中膜结合AtbHLHs有22个,膜结合ZmbHLHs有36个。在5个网站预测到的结果中,HMMTOP网站预测到的MTFs数目最多,TMHMM2.0网站预测到的MTFs数目最少。如表1所示,在两个及两个以上网站中同时预测到的MTFs中包含4个AtbHLHs和8个ZmbHLHs,其中AtbHLH158(AT5G57150)和ZmbHLH36(GRMZM2G065374)在5个网站中都预测到跨膜区。为了研究MTFs的跨膜结构域位置,我们对58个假定的MTF进行了跨膜区分析,发现大多数MTFs只有1个跨膜区(20个AtbHLHs和29个ZmbHLHs),有3个AtbHLHs和7个ZmbHLHs含有2个跨膜区。另外,我们发现58个MTFs的亲水性平均系数均小于0,说明58个MTFs为亲水性蛋白;22个AtbHLHs基因编码163~623个氨基酸,蛋白质分子量大小约为18.69~67.95 kDa,等电点约为5.02~9.87。染色体定位分析发现它们分别位于拟南芥的5条染色体,其中在两个及两个以上网站中同时预测到的4个AtbHLHs基因分别位于1、4和5号染色体;36个ZmbHLHs基因编码252~898个氨基酸,蛋白质分子质量约为27.57~100.42 kDa,等电点约为4.79~9.22(表2)。36个ZmbHLHs基因分别位于玉米的10条染色体,其中1号和10号染色体上的膜结合ZmbHLHs数目最多(6个),在两个及两个以上网站中同时预测到的8个ZmbHLHs分别位于除6和9号染色体以外的8条染色体上;同时我们发现5对基因为片段复制,且分别位于不同的染色体,表明片段复制在膜结合ZmbHLHs数目的扩张中具有重要作用(图1和表2)。