《表1 本研究30份柑橘材料》

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《柑橘CCD基因家族鉴定及CcCCD4a对果肉颜色的影响》

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柑橘‘克里曼丁’橘（Citrus clementina）基因组和蛋白组[24]数据下载自NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）。通过如下4种方法鉴定Cc CCD家族成员：（1）下载RODRIGO等鉴定的5个Cc CCD4[21](Cc CCD4a、Cc CCD4b1、Cc CCD4b2、Cc CCD4c、Cc CCD4d）；（2）用柑橘中已鉴定到的5个Cc CCD4和其他物种中已知的CCD家族基因（附表1）蛋白序列在克里曼丁橘蛋白质组数据库进行Blast搜索，获取柑橘中的同源序列；（3）在Pfam数据库（http://pfam.xfam.org/）中下载所有物种RPE65(PF03055）结构域序列，利用Hmmer2.3(http://hmmer.janelia.org/）构建隐马氏模型，在克里曼丁橘蛋白数据库中搜索含有RPE65结构域的序列；（4）合并（1）（2）(3）的结果，将得到的结果使用在线工具SMART(http://smart.emblheidelberg.de/）分析结构域，去除不包含RPE65结构域的序列，最终得到Cc CCD家族所有基因。