《表1 用于基因定位的分子标记列表Tab.1 Primers of major molecular markers used in gene mapping》

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《水稻簇生穗基因CPB4的精细定位》

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由于T637和TQ杂交得到的定位群体中，可用的分子标记较少，于是用突变体T637与籼稻93-11杂交得到F1，然后F1自交得到F2，用F2代作为精细定位群体.设计并筛选与目的基因连锁的分子标记得到RM2439，ZL74，ZL47（表1），用侧翼标记逼近法逐步缩小候选区间.然后从F2群体中挑选30株隐性簇生穗植株和30株纯合显性正常穗植株，取其叶片，用DNA提取试剂盒分别提取叶片DNA，构建两个混合池hun-y和HUN-X，委托上海美吉生物医药科技有限公司针对这两个混合池做全基因组重测序，针对hun-y相对于HUN-X在目标区间内的突变类型进行分析进而确定候选基因.本实验所用SSR（微卫星）分子标记来自于公共数据库（Rice Genome Research Program），新设计的标记含有插入缺失（Insert/Delection）标记，引物设计是利用NCBI在线引物设计网站http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primerblast/根据NCBI上公布的日本晴（japonica）基因组序列http://rgp.dna.affric.go.jp和93-11（indica）基因组序列http://rice.genomics.org.cn而设计.通过RGAP网站http://rice.plantbiology.msu.edu/cgi-bin/gbrowse/rice/可以查阅候选区间内基因注释信息.