《表4 hun-y在候选区间内的突变类型Tab.4 The mutation type of hun-y in candidate region》

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《水稻簇生穗基因CPB4的精细定位》

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注:参考序列，日本晴基因型；HUN-X，93-11基因型（纯合显性池）；hun-y，T637基因型（隐性池）.

从T637与93-11构建的F2群体中挑选30株隐性簇生穗植株和30株纯合显性正常穗植株，构建两个混合池hun-y（隐性）和HUN-X（纯合显性，标记筛选），分别进行全基因组重测序.分析hun-y与HUN-X在候选区间的基因组结构变异（表4，见第762页），发现定位区间内有8处差异，其中4处位于基因间区，3处SNP在基因上游5’端或下游3’端，还有一处最大的差异在LOC_Os04g39430第4外显子上，相对于HUN-X，hun-y植株在距离ATG 1 495bp（或1 490bp）的位置上插入了4.2kb的序列.因此LOC_Os04g39430被确定为候选基因CPB4.为了进一步确认候选基因，从TQ和T637中扩增CPB4并进行测序（擎科生物公司提供）比对，结果显示在TQ中CPB4基因的gDNA序列以及cDNA序列与日本晴参考序列相同，而在T637突变体中，CPB4基因第4个外显子上有4 262bp序列的插入.CPB4基因的cDNA测序分析发现，T637中存在两种不同的转录本，大小分别为786bp和683bp.