《表2 各参数的相关性分析》

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《落叶松-杨栅锈菌基因组密码子使用偏好分析》

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注：*和**分别表示各参数间相关性在0.05和0.01水平差异显著.T3s、C3s、A3s、G3s、GC3s分别表示密码子第3位的T、C、A、G和GC含量；L＿aa表示序列长度；GRAVY表示亲水度；Aromo表示蛋白的芳香性；CAI表示密码子适应指数；ENC表示有效密码子数；Exp＿level表示蛋白的表达量；Axis

本研究分析了落叶松‐杨栅锈菌基因的密码子偏好水平，发现全基因水平的密码子偏好性不强，所分析的14 650个基因中仅有130个基因表现出强偏好性。柄锈菌属Puccinia sp.、茅香柱菌Epichloe festucae以及大肠杆菌Escherichia coli的密码偏好研究显示基因组水平均未表现强偏好性（Li et al.2016；Xia et al.2017；Roy&Staden2019），然而稻瘟菌的线粒体基因却表现出强偏好性（徐苏丽等2013）。落叶松‐杨栅锈菌全体密码子的平均GC含量和GC3s均小于AT含量和AT3s，且26个高频密码子中23个均以A或者T为第3位碱基（表1）。由此推测，落叶松‐杨栅锈菌的密码子偏好模式可能受到密码子碱基组成的影响。相关性分析表明，落叶松‐杨栅锈菌基因序列碱基相关的因素（A3s、T3s、C3s、G3s、GC3s）与第一主轴（Axis1）间的相关系数均呈现极显著相关（R=‐0.81，P<0.01；R=‐0.76，P<0.01；R=0.90，P<0.01；R=0.63，P<0.01；R=0.96，P<0.01）（表2），表明密码子使用偏好性与密码子碱基组成显著关联。因此，证实了前面的推测。落叶松‐杨栅锈菌基因组AT含量高于GC含量，而密码子的平均GC含量也低于50%，表明其倾向使用AT丰富的密码子，说明基因组碱基组成也影响着密码子使用偏性。对其他物种密码子使用模式进行比较分析，发现了相似结果，即基因组GC含量高的物种倾向于使用GC丰富的密码子，而AT含量高的物种偏好使用AT丰富的密码子（Singer&Hickey 2000；Lightfield et al.2011）。