《表2 PHRE7及其拷贝在毛竹基因组的命名及位置》

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《毛竹Phyllostachys edulis retrotransposon 7(PHRE7)转座子的克隆与鉴定》

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PHRE7转座子全长为6 073 bp，测序结果与预测一致。PHRE7转座子组成为5′端和3′端的长末端重复序列和含5种酶的连续开放阅读框（ORF），结构顺序依次为5′-L-LTR-GAG-PR-INT-RT-RH-LTR-R-3′（图2）。各结构长度具体如下:左端LTR（L-LTR）长度为959 bp，右端LTR（LTR-R）为3′端LTR的反向重复序列，长度也为959 bp，相似性为96.7%。计算得插入时间约为126.92万a前。开放阅读框核苷酸编码区总长度为1 524 bp，共编码氨基酸507个，GAG核心区位置在1 030～1 744 bp，主要与反转录转座子RNA的成熟和包装有关；PR核心区为是水解酶的编码区，位置在1 978～2 224 bp，与反转录后多聚蛋白前体切割为功能性多肽有关；INT核心区是整合酶的编码区，位置在2 365～3 004 bp，用于催化反转录转座子插入宿主基因组的整个过程[33]；RT核心区是反转录酶的编码区，位置在3 580～4 312 bp，用于催化单链RNA或DNA合成DNA的过程，是转座子转座的必不可少的酶；RH核心区位置在4 624～5 020 bp，用于编码核糖核酸酶H。核糖核酸酶H是水解酶的一种，负责原始RNA模板的水解。根据编码区结构顺序GAG-PR-INT-RT-RH，可确定PHRE7反转录转座子是Ty1-gypsy家族成员。通过cd-hit软件[26]对比毛竹基因组中的转座子，鉴定出PHRE7相似的序列，即其拷贝。结果显示:PHRE7存在相似的其他10个拷贝，根据拷贝位置不同，分别把10个拷贝命名（表2）为PHRE7-1，PHRE7-2，PHRE7-3，PHRE7-4，PHRE7-5，PHRE7-6，PHRE7-7，PHRE7-8，PHRE7-9和PHRE7-10，10个拷贝的结构也相对完整（图2）。