《表2 各模型参数估计值和对数似然值》

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《五加科药用植物鲨烯合酶的适应性进化分析》


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为了评估自然选择对五加科SS的影响并鉴定受正选择的特定位点,使用PAML v4.5包的CODEML程序以PHYML3.0得到的系统发育树为基础,对五加科SS基因进行选择压力分析。如表2所示,在分支模型中单比率模型M0的似然值(ln L)=-3 887.584 255,设计参数np=48;自由比率模型Mf的ln L=-3 845.074 970,设计参数np=93;通过自由比率与单比率模型的LRT检验得到自由比模型优于单比率模型的结果(表3),说明不同的分支所经受的选择压力存在差异。在二比率模型中,分别以A、B、C为前景支,其他分支为背景支。经LRT检验得到仅二比率模型A优于单比率模型(表3)。