《表3 CRISPR-Cas系统在细菌中进行单、多基因编辑的总结》
aCEP,Cas效应蛋白;bHDR,同源重组修复;NHEJ,非同源末端链接;cKO,敲除;KI,敲入;R-dsDNA,复制型dsDNA;NR-dsDNA,非复制型dsDNA;λRed-HDR,λRed-介导的同源重组;RecET-HDR,RecET-辅助的同源重组;ND,未测定
基因组编辑是CRISPR-Cas系统最为广泛的应用,可以通过两种方式来对细菌基因组进行CRISPR-Cas介导的编辑:(1)向宿主菌中引入异源CRISPR-Cas系统,如应用较多的来自化脓性链球菌(Streptococcus pyogenes)Cas9(spCas9);(2)利用内源的CRISPR-Cas系统,如肺炎链球菌、巴氏梭菌等具有天然的CRISPR-Cas系统[113-114]。2013年,Jiang等[113]利用CRISPR-Cas9系统分别在肺炎链球菌和大肠杆菌中实现基因修饰是CRISPR-Cas用于细菌基因组编辑的第一个例子。如今,已有多项研究报道可将CRISPR-Cas用于各种细菌的基因编辑,表3总结了迄今为止报道的34种细菌中所涉及的单、多基因编辑,其中革兰氏阳性细菌有28种,革兰氏阴性细菌有6种。在CRISPR类型方面,有30种细菌中采用了化脓链球菌来源的Cas9,4种细菌中使用了新凶手弗朗西丝菌来源的Cpf1,1种细菌中应用了表皮葡萄球菌来源的CRISPR-Cas系统,4种细菌借助的是内源的CRISPR-Cas系统。在供体DNA形式方面,有4、4和29种细菌分别采用ssDNA、非复制型dsDNA和复制型dsDNA的形式来提供修复模板,其中大肠杆菌的修复DNA可以为这三种形式之一。
图表编号 | XD0074829700 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2019.05.01 |
作者 | 李琦、武美贤、郭清华、邵悠然、杨俊杰、蒋宇、杨晟 |
绘制单位 | 四川师范大学生命科学学院、中国科学院分子植物科学卓越创新中心、植物生理生态研究所、中国科学院分子植物科学卓越创新中心、植物生理生态研究所、中国科学院大学、中国科学院分子植物科学卓越创新中心、植物生理生态研究所、中国农业科学院农业资源与农业区划研究所农业部微生物资源采集与保藏重点实验室、中国科学院分子植物科学卓越创新中心、植物生理生态研究所、浙江大学化学工程与生物工程学系生物质化工教育部重点实验室、中国科学院分子植物科学卓越创新中心、植物生理生态研究所、中国科学院分子植物科学卓越创新中心、植物生理生态研究所 |
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