《表2 关联分析鉴定的常见SNV》
1:1KG数据库中亚洲人群最小等位基因频率;2:Logistic回归分析调整年龄,性别,吸烟和饮酒状态;3:Regulome DB分值范围1~6,分值越高表明影响转录因子结合的证据越少;4:C评分,分值范围1~99,基于人类可能发生的8.6亿个碱基替换变异进行评分和排序。分值越高表明变异预测有害的
在86个常见变异中,通过Logistic回归分析发现5个位点与CHD风险关联P值<0.05:TCF21rs3734280、APOA4 rs5103、TAGLN rs12970、AD-AMTS7 rs2277548、ATP5G1 rs66985080(表2)。通过Regulome DB和CADD对这5个位点进行功能预测发现,rs12970是人类基因组中前1%最有害的突变(C评分>20)。进一步运用GTEx数据库进行eQTL分析,结果表明rs12970的A等位基因与心脏-左心室组织中APOA1的表达增加有关(G>A,β=0.66,P=3.1×10-5,表2)。
图表编号 | XD0055405300 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2019.05.15 |
作者 | 蒋祝、孙洁、蒋涛、朱猛、李志华、程越、陈梦茜、戴俊程、沈冲、胡志斌 |
绘制单位 | 南京医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系、南京医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系、南京医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系、南京医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系、南京医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系、南京医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系、南京医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系、南京医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系、南京医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系、南京医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系 |
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