《表6 桑叶葡萄叶绿体基因组串联重复信息》

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《桑叶葡萄叶绿体基因组及其特征分析》


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简单序列重复(SSR)或微卫星DNA是指分布在整个基因组中1~6 bp的重复序列(Asaf et al.,2017)。从桑叶葡萄叶绿体基因组检测出84个SSR位点,其中,单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸和五核苷酸重复分别有55、8、9、9和3个(表4),且54个单核苷酸重复由A或T组成。欧亚种葡萄‘赤霞珠’叶绿体SSR同样偏向使用A/T碱基(谢海坤等,2017),这与先前的研究一致,即植物叶绿体SSR标记富含A/T重复(Kuang et al.,2011)。对SSR的位置进行分析发现,大部分SSR都分布在基因组的非编码区(表5)。长度大于或等于30 bp的长重复序列,在基因组的重排过程中可能扮演着重要的角色(Cavalier-Smith,2002;Nie et al.,2012)。桑叶葡萄叶绿体基因组中共检测出来33个串联重复,且绝大多数长度范围在30~89 bp之间,此外,82%的串联重复序列位于非编码区(表6)。