《表1 稀有微生物群落研究方法》

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《稀有微生物群落研究进展》

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复杂的微生物群落包含大量的低丰度物种且低丰度物种占有相当大的比例。研究表明稀有微生物圈包含关键物种，并充当基因组多样性的储存库以促进群落的适应能力。所以说稀有微生物圈在一定程度上控制着微生物群落，并占据重要的生态位。如表1所示，传统的纯培养技术在研究高度多样化环境（如土壤）中的微生物时具有重要价值[36，37]，因为在培养中获取的稀有物种能够进行特定的生理生化试验，结合单细胞基因组学和重建基因组学可以深入了解它们的功能作用，然而传统培养技术却也在一定程度上限制了人类对稀有微生物群落的理解。高通量测序技术的发明和改进使得微生物群落结构的深入分析成为可能[38-42]。但测序显示的是特定时间地点存在的物种，提供有关特定物种或群落潜在功能的有用信息仍需通过试验来验证完成；并且测序数据分析过程中的人为处理导致细菌群落中大量先前未被发现的稀有物种消失，使得稀有群落在各种生态系统中的功能的重要性无法探知。因此，将传统培养方法与现代测序技术相结合，比单独采用一种方法更能够描述稀有微生物群落的多样性[43-47]，再加上细胞分离、基因组恢复、多重置换扩增、稳定同位素探测、功能性亚基因组学、稀有类群的靶向扩增和培养、共生网络和指示物种分析等技术手段，可以更全面地了解稀有微生物圈在微生物群落中的分布和作用[3]。