《表2 开发用于微卫星多态性筛选的引物序列信息》

《表2 开发用于微卫星多态性筛选的引物序列信息》   提示:宽带有限、当前游客访问压缩模式
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《基于简化基因组数据开发岭南青冈微卫星引物》


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对样本内进行聚类、过滤掉旁系同源序列后,每个样本包含的位点数在5 546~15 844。样本间聚类后,得到所有样本都具有的位点(一致性位点) 1 158个,并得出详细的样本序列信息(见表2)。使用python脚本过滤掉1 158个一致性位点中包含转换/颠换的序列以后,共得到308个位点。进一步过滤掉微卫星重复序列位于reads前25或129 bp以后位置的位点后,得到位点数186个。在这186对引物中挑选出微卫星是2碱基或3碱基重复并最大重复数大于6次,而且在4个样本中至少存在2种不同重复数的引物。共挑选出了40对,使用Primer Premier 5.0设计出了25对引物用于实验验证(见表2)。