《表2 开发用于微卫星多态性筛选的引物序列信息》
对样本内进行聚类、过滤掉旁系同源序列后,每个样本包含的位点数在5 546~15 844。样本间聚类后,得到所有样本都具有的位点(一致性位点) 1 158个,并得出详细的样本序列信息(见表2)。使用python脚本过滤掉1 158个一致性位点中包含转换/颠换的序列以后,共得到308个位点。进一步过滤掉微卫星重复序列位于reads前25或129 bp以后位置的位点后,得到位点数186个。在这186对引物中挑选出微卫星是2碱基或3碱基重复并最大重复数大于6次,而且在4个样本中至少存在2种不同重复数的引物。共挑选出了40对,使用Primer Premier 5.0设计出了25对引物用于实验验证(见表2)。
图表编号 | XD00205253100 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2020.07.01 |
作者 | 宁馨、姜小龙、邓敏、徐刚标 |
绘制单位 | 中南林业科技大学林木遗传育种实验室、中国科学院上海辰山植物科学研究中心上海辰山植物园、中南林业科技大学林木遗传育种实验室、中国科学院上海辰山植物科学研究中心上海辰山植物园、中国科学院上海辰山植物科学研究中心上海辰山植物园、中南林业科技大学林木遗传育种实验室 |
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