《表1 菌群引物序列:藏绵羊暖、冷季瘤胃微生物菌群密度与其短链脂肪酸浓度互作分析》

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《藏绵羊暖、冷季瘤胃微生物菌群密度与其短链脂肪酸浓度互作分析》


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表示细菌是管家基因序列16S rRNA序列

以瘤胃微生物DNA为模板,选取产甲烷菌(Methanogenic bacteria)、蛋白质降解菌(包括溶纤维丁酸弧菌和嗜淀粉瘤胃杆菌)、纤维降解菌(产琥珀酸丝状杆菌、黄色瘤胃球菌和白色瘤胃球菌)进行相对定量研究。利用NCBI BLAST(www.ncbi.nih.gov/BLAST)搜寻菌群16S rRNA序列,采用Primers软件设计特异性引物(表1),引物由上海生物工程有限公司合成。以细菌为内参,引物序列参考Muyze等[17]研究方法,利用荧光定量PCR仪(ABI QuantStudio-6)测定微生物黄色瘤胃球菌、产琥珀酸丝状杆菌、白色瘤胃球菌、嗜淀粉瘤胃杆菌、溶纤维丁酸弧菌和产甲烷菌的相对密度。PCR反应体系20μL:2×SuperReal PreMix Plus 10μL,上、下游引物各0.6μL,模板1μL,50×Rox Reference Dye 0.4μL,ddH2O 7.4μL。反应参数:95℃预变性15 min;95℃变性10 s,60℃退火32 s,共40个循环。