《表4 Pfam软件预测到的lncRNAs》

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《广藿香长链非编码RNA分析》

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Pfam是一个大型蛋白结构域家族的数据库，每个蛋白家族都由多个序列比对和隐马尔可夫模型（hidden markov models，HMMs）所体现，将转录本各个编码框上的蛋白序列与Pfam数据库做hmmscan同源搜索，能比对上的转录本即为具有某个蛋白结构域的转录本，被认为具有编码能力，无比对结果的转录本则被认为是潜在的lncRNA（Finn et al.，2016）。当把全部转录本全长为基础数据导入时，Pfam软件预测到lncRNAs有24 504个基因片段（表4），其中最短的为280 nt，最长为10 756 nt。长度大都介于280～4 000 nt范围，这个范围的lncRNAs占到总数得97.593%；超过4 000 nt的很少，总共只有590个，占总数的2.407%。