《表2 SNP位点验证PCR引物》

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《一株阴环炭团菌(香灰菌)转化子形态变异的成因》

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采用GATK法分析基因组其他位点的差异，主要步骤如下：使用trimmomatic去除接头序列和质量差的序列；索引参考基因组（对照基因的基因组）；使用bwa软件将reads比对到参考基因组中；采用GATK软件包标记重复序列和SNP calling。将12900-5菌株的SNP位点与对照和12900-6菌株的SNP取交集，得到12900-5菌株特异的SNP位点。采用PCR法对12900-5特异SNP位点进行验证，以对照菌株为参照。引物设计（表2）、PCR扩增程序和体系与1.2.1同。采用Sanger测序法对PCR产物进行测序，序列比对验证SNP的真实性。