《表4 非同义替换对蛋白质结构和功能影响的预测结果》

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《不同地理种群鳄蜥tlr4基因遗传多样性及SNPs分布特点分析》

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括号中给出的是软件的预测数值；大于号前的氨基酸表示野生型，大于号后的氨基酸表示突变型。

6个氨基酸替换在两种软件中的预测结果是“可耐受的”和“良性”突变，暗示这6个氨基酸替换可能不会影响toll样受体的正常结构和功能。两个氨基酸替换在SIFT软件中预测为“影响蛋白功能”，但在PolyPhen-2预测结果中显示“良性”，这种结果并不矛盾，因为不同的算法可能会产生不一致的结果。一个氨基酸替换在两个软件中的预测结果都显示对蛋白质功能和结构有影响，因此这极有可能是一个有害的氨基酸突变位点（表4）。缬氨酸（Val）突变成蛋氨酸（Met）仅在广东罗坑种群中出现，该位点位于预测的跨膜结构域中，因此极有可能影响细胞的信号传递。在LRRfinder预测的糖基化位点和磷酸化位点中，蛋白质第421位苏氨酸（Thr）和第630位丝氨酸（Ser）被预测为O-糖基化位点和磷酸化位点。根据SWISS-MODEL建立的蛋白质三维模型，将8个突变氨基酸位点匹配到蛋白质三维结构中，由于缺少其他toll样受体4氨基酸的同源序列，导致无法模拟鳄蜥完整的toll样受体4蛋白三维结构，因此蛋白质模型没有包括第643位突变位点，模拟的三维蛋白质结构长度为611个氨基酸（第28到第638位氨基酸），该片段与模板toll样受体4的同源性为43.67%（图3）。