项目属重要动植物基因组学领域，是该世纪初在与日本等国际组织激烈竞争形势下取得的原创性研究成果。主要内容包括：1.完成中国家蚕基因组计划。①在2002年构建了家蚕11个不同发育时期重要组织器官的eDNA文库，获得近10万条EST序列的基础上，2004年完成了6x家蚕全基因组框架图，获得家蚕基因组大小为430Mb、18510个预测基因及初步功能分析等科学结果，在Science发表。②2008年通过整合中日双方的基因组数据，绘制了家蚕基因组9X精细图谱，将87％的基因组片段和94％的基因定位到染色体上，国际昆虫学著名杂志Insect Biochemistry and molecular Biology为此出版《家蚕基因组特刊》。③2009年完成40个蚕品系的基因组重测序和高精度遗传变异图谱绘制，发现1600万个SNP位点、31万个Indel和3.5万个SV。发现家蚕由中国野桑蚕而来的驯化为单一事件，研究论文在Seience发表。2.建立家蚕功能基因组研究平台。建立世界最大的家蚕遗传数据库SilkD8，访问量超过100万次，包括NIH，剑桥大学、耶鲁大学、哈佛大学等来自超过50个国家和地区的著名机构。设计制作了覆盖家蚕全基因组的oligo基因芯片和microRNA芯片，完成大规模功能基因筛查及表达谱分析，建立家蚕基因表达谱数据库；建立了先进的蛋白质组学、定位克隆、RNAi、转基因和定向敲除等重要平台，相关研究发表于PNAS、Genome Bio、Nucleic Acids Res和JBC等刊物。3.家蚕重要经济性状基因功能研究。围绕蚕丝蛋白合成、性别决定、免疫调控和发育变态等重要生物学问题，系统鉴定分析了关键性状相关基因，重点研究了60余个关键基因的功能，建立了高效实用的转基因及基因组编辑系统，获得60余个转基因素材和1个转基因新型实用蚕品种。申请基因专利50余项，获授权专利19项，在Nat Biotechnol、Plos One、Genomics、BMC Dev Biol、Dev Comp．Immunol等杂志发表论文200余篇，多篇论文被评为杂志的高访问率论文；出版专著《蚕丝生物学》等4部。8篇代表作SCI他引494次，总他引971次。这是项目组独立自主完成的原创性成果，Nature(2004)以“The silkwormshow”为题。称是“中国科学家做出的难得的杰出成果”，Nature News(2004)发表了“silkworm genome gets solid coverage”的评论，称“家蚕基因组的完成将对蚕丝产业、害虫防治等多个领域产生重大影响”。Science News(2009)对家蚕重测序结果刊载评价：“揭开了家蚕驯化的科学奥秘，将促进家蚕遗传改良提高蚕丝产量和生物工厂等应用”；Science审稿人称：“这是多细胞真核生物大规模重测序研究的首次报道，其数据代表了鳞翅目昆虫最多最完整的基因组序列……对家蚕生物学提供了新见解，是基因组资源扩展的一个里程碑”。项目成果已获重庆市自然科学一等奖、中国高校十大科技进展、日本蚕丝科学进步特别奖、香港桑麻纺织科技大奖等奖励，并入选《科技日报》社“科技中国55个新第一”、2006中国十大科技新闻等。在该项目的推动下，项目完成单位已发展成为国际蚕学研究的中核机构。

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