《表1 样本数据统计表:HN-AD菌强化3D-RBC处理养猪废水及微生物特性研究》

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《HN-AD菌强化3D-RBC处理养猪废水及微生物特性研究》


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反应器启动阶段中的生物样品先采用冷冻干燥做脱水预处理[13],然后采用TESCAN MIRA3热场发射扫描电镜观察生物膜表面微观形态结构.DNA提取和高通量测序采用MobioPowerSoil?DNA Isolation Kit提取固定化菌液总基因组DNA[14].MiSeq平台对16S rRNA基因高变区序列进行测序,测序区域选择V3+V4区,测序片段为468bp,测序引物为338F-806R,使用Trimmomatic、FLASH软件对MiSeq测序数据进行处理获得干净数据(如表1).在Usearch软件平台中使用uparse方法将序列按照彼此相似性为97%分归为许多小组,一个小组为一个OTU,从而得到OTU的代表序列.然后,使用uchime检测PCR扩增中产生的嵌合体序列并从OTU中去除,再用usearch_global方法将优化序列map比对回OTU代表序列,最终得到OTU各样品序列丰度统计表[15-16].