《表3 金莲花叶绿体基因组SSRs类型及数量》

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《金莲花叶绿体基因组测序及特征分析》

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对金莲花叶绿体基因组SSRs开发的参数设置如下：1-8、2-4、3-3、4-3、5-3和6-3，即1个碱基重复≥8次，2个碱基重复≥4次以此类推（Li et al.，2013），共搜索到265个符合条件的SSR位点（表3）。除未发现六核苷酸重复基序外，五、四、三、二和单核苷酸重复基序分别有2个、4个、76个、63个和120个，重复基序长度越长，丰度越小，二者成负相关。在所有的SSR位点中，重复最多的基序是单核苷酸A/T，接下来分别是AT/AT、AAT/AAT、AAG/CTT、AG/CT，这些重复基序共占总数的83.77%。在单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸组成的重复基序中，AT基序占优势，具有碱基偏好性。这与金莲花叶绿体全基因组富含AT一致，这种偏好性可能是由于GC比AT更稳定。