《表1 本研究从瓜伊马斯盆地热液沉积物中得到的基因组基本统计信息表》

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《深古菌门的核心代谢功能和热环境起源》

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a High quality:completeness>90%，contamination<5%；medium quality:completeness>50%，contamination<10%；low quality:completeness<50%or contamination>10%.

本研究在瓜伊马斯盆地编号为M8和M10的宏基因组测序数据中获得了16个深古菌基因组（表1）。此外，我们还收集了44个已经公开发表的深古菌参考基因组。通过使用CheckM[21]对上述共计60个基因组中进行预测，共计得到23条16S rRNA基因序列（Appendix A.Table S1）。此外，以97%为相似度阈值，在SILVA数据库中得到1547条16S rRNA基因参考序列。随后，我们对上述16S rRNA基因序列进行系统发育树的构建（图1、Appendix A.Fig.S1），该发育树的拓扑结构和之前的研究工作高度相似[1，4，8，14，40]。此外，两个深古菌亚群Bathy-21和Bathy-22位于深古菌发育树的最根部，和其他亚群形成单系同源。这两个亚群（以及亚群Bathy-23）在近期的一项研究工作中得以命名[8]。相关的16S rRNA基因序列请参见Appendix A.Table S2。多数深古菌亚群的系统发育树位置相对稳定，但有少数进化支由于参考序列、分析方法和参数的不同，在不同研究中的演化地位仍有差异[1，4，8，14，40]。上述拓扑结构的不稳定性可能是由目前参考基因组的缺乏造成的，这也进一步说明深古菌门内部极其复杂的多样性。