《表4 SNP注释结果 (部分)》

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《120日龄文昌鸡RNA-Seq基因结构及SNP分析》

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注:No.1.染色体名称；No.2.SNP的坐标位置；No.3.参考序列上的对应位置的碱基；No.4.测序个体的基因型；No.5.质量值；No.6.第一碱基，该位置最可能的碱基；No.7.第一碱基的质量值；No.8.仅能比对上该位置且支持该碱基的reads个数；No.9第二碱基；No.10.第二碱基的平均质量；No.11.仅能比

通过TopHat软件查找各个样品潜在的SNP位点，并将所得SNP与鸡dbSNP数据库进行比对，区分可能发生在RNA和DNA水平上的SNP位点，然后注释。由表3、4可知，在WC-D120-B-1样品上得到45 242个可靠的SNP位点，其中转换型的33 675个，约占75%；WC-D120-B-3样品获得50 225个可靠的SNP位点，转换型和颠换型百分比分别为74%（37 263）和26%（13 767）。