《表2 部分与circRNA相关的软件》

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《环状RNA在肺癌中的作用及研究进展》

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随着circRNA在肺癌治疗和早期预测方面的研究不断深入，选择合适且高效的数据库及分析软件对circRNA的精准分析显得尤为重要，因此整理部分与circRNA相关的软件供大家查阅参考（如表2）。circBase主要收集多个物种的circRNA信息，包括人（hg19）、小鼠（mm9）、秀丽线虫（ce6）、黑腹果蝇（dm3）、矛尾鱼（latCha1）、腔棘鱼[55]。CIRCpedia是一个整合性的数据库，旨在汇总环状RNA相关的可变剪接及其细胞特异性分布信息。deepBase数据平台收集了约1.8万个small RNA、36万个长非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）和大约10万多个circRNA基因（人、鼠、果蝇、线虫等），并构建了全面的非编码RNA（non-coding RNA，ncRNA）的表达网络[56]。CircNet，它提供新发现的circRNA的鉴定，整合了circRNA-miRNA-mRNA的相互作用网络，circRNA亚型的表达水平、基因组注释和序列，以及circRNA的可变剪接信息、在不同组织中的表达模式和可能的调控网络[57]。circRNADb[58]是首个汇总可编码蛋白质的人类环状RNA的数据库，每个circRNA的记录都包含了基本信息和具体信息，为研究人员提供了更详细的数据信息。Cir2Traits数据库包含与各种疾病相关的circRNA信息。CircInteractome是由美国国家卫生研究院（NIH）开发的专门用于circRNA研究的在线网站，包含相应的基因组序列、荧光定量检测的PCR引物信息以及各成熟circRNA的有效siRNA信息，同时CircInteractome数据库也可以用来预测RBP结合位点。通过对circRNA的数据算法进行比较，CIRCexplorer和Mapsplice是准确率和灵敏度最高的算法[59]。虽然列举出的数据库和分析工具各有优势，但仍存在预测重叠少，没有统一的鉴定标准等问题。因此，在使用这些信息学方法时，需要根据自己的需求有目的地检索，以提高数据的置信度。