《表1 5个非洲菊CAD基因位于编码区不同位置的密码子GC含量及ENC和CAI值》

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《非洲菊CAD基因的密码子偏好性分析》

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从非洲菊转录组数据中筛选获得5条具有完整CDS的CAD基因，分别命名为CAD1、CAD2、CAD3、CAD4、CAD5。通过CodonW软件计算它们的ENC和CAI值，利用EMBOSS在线分析得它们的总GC含量以及位于密码子不同位置的GC含量，整理得表1。由表1可以看出，5个非洲菊CAD基因的ENC值相差不大，介于53.37～58.07，平均值为55.77，说明非洲菊CAD基因密码子的使用偏好性较弱。从CAI指数看，非洲菊CAD基因CAI值介于0.191～0.225，平均值为0.210，远小于1，进一步说明了非洲菊CAD基因的密码子偏好性较弱。总GC含量为44.16%～50.23%，平均值为46.46%；GC1s为48.46%～55.71%，平均值为52.56%；GC2s为37.05%～40.67%，平均值为39.16%；GC3s为44.08%～57.94%，平均值为47.67%，由此推测非洲菊CAD基因家族编码氨基酸时使用较多的A或T，G或者C的偏好性较弱，且偏向于以A或T结尾。