《表1 核心位点的分层筛选》

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《适于海岛棉指纹图谱构建的SNP核心位点筛选与评价》

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用LociScan＿V1.0位点筛选工具对2594个位点进行分层筛选。分别设置200、300、400、500、1000、1500、2000、2500共8种不同数量位点，进行识别效率信息统计。在200～1500位点时，随着位点个数的增多，识别效率增加。当位点为200时，识别率为89%；当位点为1500时，识别率为99%。当位点超过1500时，识别率增长趋于平缓，都稳定在99%以上（表1）。对8种不同位点组合基于R进行相关性分析（图2），8种不同位点组合两两之间P值都小于0.001，表明具有极显著的线性相关。其中，1500、2000和2500位点组合其相互间线性相关性最高。因此，选择1500位点作为适于海岛棉指纹图谱构建的核心SNP位点组合。