《表1 Ah PAL在根、块茎和叶中的表达量》

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《异叶天南星苯丙氨酸解氨酶基因的克隆与蛋白结构分析》

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提取异叶天南星成熟的根、块茎和叶的总RNA，富集mRNA，逆转录成cDNA，构建cDNA文库，利用Illumina Hi Seq-4000（华大基因，武汉）进行双端测序，得到异叶天南星转录组数据库（NCBI SRA数据库，登录号为SRP118752）。将获得的高质量的数据进行De novo组装，进一步注释到7大数据库:Nr（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db），Nt（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db），GO（http://geneontology.org），KEGG（http://www.genome.jp/kegg），Swissprot（http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/swissprot），KOG（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/KOG）和Pfam（http://pfam.xfam.org），共注释了72 287个Unigene。其中，编码Ah PAL的基因共13个，它们在根、块茎和叶中的表达情况，即FPKM（Fragment per kilobase of exon model per Million mapped reads）值见表1。利用TransDecoder（v3.0.1）搜索Unigene的开放读码框（ORF）。使用ExPASy软件将Ah PAL的基因序列翻译为氨基酸序列，并与NCBI数据库中已知的PAL进行序列比对，得到4个编码完整Ah PAL的ORF，本研究对表达量最高的CL4508.Contig3基因（以下简称Ah PAL）进行克隆。