《Table 1Sequences for DNA aptamers》

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《Cε3-Cε4蛋白寡核苷酸适配子结合位点的预测与筛选》

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使用MMB程序，设置碱基对序列和温度等参数，构建了46个PDB格式的DNA适配子发夹结构，其中序列2和序列24的发夹结构构建失败.这46个适配子发夹结构长度各不相等，短至5个碱基（序列5），长则可达26个碱基（序列14），但大部分均以短序列存在，以获取与蛋白作用的最短核心部位.利用PyMol软件将短发夹适配体的结构显示成Cartoon，图2显示了长度各不相同的短发夹适配体结构，序列4，18和21[图2（A），（C） 和（D）]为分别由6，9和11个碱基形成的较短发夹结构；序列10，22和29[图2（B），（E） 和（F）]为分别由24，18和18个碱基，通过2个碱基互补配对形成的1个大环状发夹结构.构建适配子3D结构是蛋白与核酸对接的关键[14]，利用RNA composer程序[15]对适配子A1的发卡结构进行了预测[图2（G）~（L）]，通过对比发现2种方法具有一定的相似性，MMB比RNA Composer更具灵活性，可以指定碱基配对等参数，允许分子的不同区域以不同的灵活性进行处理，能够人为地控制核酸的空间结构[16，17].