《表1 本研究用到的ToCV分离物信息》

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《番茄褪绿病毒的进化动态与适应性进化特征》

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*：本研究测序的分离物Isolates sequenced in this study

测序获得的序列采用DNAMAN（Lynnon BioSoft，Canada）、BLAST等软件进行序列分析。除了新测序获得的13条CP基因序列外，从GenBank下载带有采样时间和地理信息的90个分离物相应的核苷酸序列合并得到103条CP基因序列（表1）。使用PhyloSuite 1.16[26]中的MAFFT算法[27]基于密码子进行多重序列比对。由于重组可能导致过快或假阳性的进化速率[28]，为排除重组对进化速率的影响，采用两种不同的方法检测ToCV CP中的重组事件。首先应用SplitsTree4.13.1[29]基于邻接网络算法重建系统发育网络以检测数据集是否存在重组，随后通过RDP 4.97软件包的7种算法（RDP、GENECONV、BOOTSCAN、MAXCHI、CHIMAERA、SISCAN和3SEQ）[30]进行重组分析。