《表1 实验所用12对多态性引物》

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《小麦芒抑制基因Hd的定位和候选基因分析》


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InDel:插入-缺失分子标记;下同

CASL4AL重测序比对到CS参考基因组序列上的结果显示,4A染色体40~266 Mb处存在控制芒的基因,在此区段利用Misa (Micro SAtellite identification tools,http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/misa.html)(Duran et al.,2009)进行简单序列重复(SSR)位点的预测,标准为二核甘酸重复次数不低于6次,三、四、五核苷酸重复次数不低于5次;利用Primer3web version 4.1.0 (http://primer3.ut.ee/)对SSR位点和CASL4AL重测序序列与CS参考基因组的Indel位置进行引物设计,通过e-PCR 2.3.12验证SSR引物和Indel引物的特异性,并利用小麦族多组学数据网站(https://202.194.139.32/Primer Server/)的Primer Server在线工具对设计的引物进行进一步的预测和多态性筛选,之后使用10%聚丙烯酰胺凝胶电泳检测CASL4AL和CS之间的SSR标记多态性。引物均由上海华大生物公司合成(表1)。