《表5 hsEH和化合物21结合8ns后平衡的平均结构结合自由能》

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《基于分子对接、分子动力学模拟的新型酰胺-膦酸酯类hsEH抑制剂的QSAR研究》


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注:ΔGbind=Evdw+Eele+ΔGpol+ΔGnppol+TS,其中熵变忽略不计.

计算出hsEH-化合物21体系在生理条件下的结合自由能(ΔGbind).提取的复合物在平衡8ns时的构象的各能量如表5所示.其中范德华作用能(Evdw)、非极性溶剂化能(ΔGnppol)的值均远小于零,表明范德华力以及非极性的溶质环境有利于酰胺-膦酸酯类衍生物与hsEH的结合,可见结合过程中疏水作用力和氢键作用力的重要性.而真空中的静电作用能值较小(Eele),表明静电相互作用力影响较小,可能源于π-π堆积电子云吸引作用力.动力学模拟的结果与QSAR中的各力场的贡献率和分子对接结果表现一致.