《表1 不同植物DGAT1氨基酸序列信息》

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《特色油料作物油莎豆CeDGAT1基因的鉴定及表达分析》


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用NCBI中的Conserved Domain Database(CDD)库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Strucdd/cdd.shtml)鉴定Ce DGAT1蛋白的保守结构域;通过MEME(http://meme-suite.org/)预测Ce DGAT1蛋白的Motif;利用Expasy网站提供的Protparam工具分析油莎豆Ce DGAT1蛋白的氨基酸组成、相对分子质量、理论等电点和原子组成等理化性质;使用一系列在线工具分析Ce DGAT1蛋白跨膜区(http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/)、疏水区域(http://web.expasy.org/protscale/)和信号肽(http://www.cbs.dtu.dk/Services/SignalP/);使用PBIL LYON-GE-RLAND和Phyre 2对Ce DGAT1蛋白的二级结构和三级结构进行预测分析;使用Genedoc软件对油莎豆Ce DGAT1和拟南芥At DGAT1进行氨基酸的多序列比对分析;使用MEGA 7.0软件采用邻接法(Neighbor-Joining,NJ)对油莎豆Ce DGAT1和其他物种的DGAT1蛋白序列(表1)构建系统发育树,自举检验值为1 000个循环,其余值均为默认设置。