《表1 ENCODE注释的差异表达lncRNA及其在肝细胞癌组织中的改变情况》

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《HBV~+肝细胞癌患者lncRNA-mRNA共表达网络分析及作用》

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目前报道的ncRNA种类繁多，但大部分ncRNA通过RNA测序后拼接获得，因此部分ncRNA不一定具有ncRNA的属性。而经ENCODE注释和CPAT软件预测的lncRNA更为准确和可靠。为探索lncRNA在肝硬化、早期肝癌和晚期肝癌这一疾病进展中的作用，我们通过对比ENCODE数据库，得到11个被EN-CODE注释的差异lncRNA，并通过CPAT工具确定它们均无编码蛋白的能力。其中2个lncRNA在肝硬化、早期和晚期肝癌中均显著上调，9个lncRNA在肝硬化、早期和晚期肝癌中均显著下调（表1，FDR≤0.05）。