《表2 测序质量相关数据》

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《利用ATAC-seq技术在人免疫细胞中检测染色质开放性的方法建立》

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测序结束后需要对测序数据进行生物信息学分析，其中数据质量控制是后续分析的基础，本研究使用FastQC软件评估测序所得数据的质量（表2）。测序的质量常用Q值表示，计算方法为-10×log10(p），其中p代表测序错误的概率，即在错误率为0.1%时，Q值为30，一般认为平均Q值大于30时数据质量良好。在测序样本中，总的Q30比例大于85%。由于ATAC-seq的实验过程不涉及碱基的修饰和改变，因此应为GC比例平衡文库，实测GC比例为（45～50）%。通过调用比对软件Bowtie2[7]的运行日志，统计测序数据的比对率，文库比对至人hg19参考基因组的总比对率大于94%，并且唯一比对率均大于79%，线粒体基因组百分比小于38%，表明文库制备过程中没有其他物种DNA污染，可用数据比例较高。非冗余比例以及PCR阻塞系数用于衡量文库复杂度，复杂度越高，说明得到的非冗余数据比例越高，文库质量越好。研究者还将数据与ENCODE计划[8]中的关于ATAC-seq的重要质控参数进行了比较，可以看到数据质量符合基本ENCODE标准，达到了较高的质量要求（表2）。